Die Geschichte des heute allgemein als Reiki bezeichneten Usui-Systems der natürlichen Heilung begann vor etwa 100 Jahren in Japan. Da heute nicht mehr alle Details eindeutig nachzuweisen sind, fällt ein Teil der Geschichte in den Bereich der Legende, während viele Anekdoten und Hinweise sich inzwischen durch internationale Zusammenarbeit und Forschung eindeutig bestätigt haben

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Dr. Mikao Usui, 1865 im Süden Japans geboren, wirkte als Lehrer an einer christlichen Missionsschule in Japan. Während einer Unterrichtsstunde, in der seine Schüler wissen wollten ob er die Aussagen der Bibel für wahr hielt, nahm alles seinen Anfang. Nachdem Usui diese Frage bejaht hatte, fragten seine Schüler ihn nach den Heilungen, die Jesus vollbracht hatte. Angeblich hatte dieser gesagt, das alle, die ihm nachfolgen würden, diese Gabe erhalten und genauso würden heilen können wie Jesus selbst. Usui konnte darauf keine klärende Antwort geben. Die Sache ließ ihm keine Ruhe. So wurde er vom Lehrenden selbst wieder zum Schüler, da er eine Antwort finden wollte. Er reiste auf der Suche nach Wissen durch ganz Japan, China und Europa.


Usui zog sich daraufhin fastend für 21 Tage auf einen heiligen Berg zurück und bat um Hilfe, um in Abgeschiedenheit und Meditation vielleicht eine Antwort auf seine brennende Frage zu erfahren. Die Zeit verstrich, aber er war der Erkenntnis nicht näher gekommen. Am letzten Tag schließlich geschah das, worauf er gehofft hatte. Wie die Legende beschreibt, sah er Symbole und Zeichen, deren Bedeutung und Verwendung ihm eingegeben wurde. Er hatte sie in alten Schriften zwar gesehen, aber nichts mit ihnen anfangen können. Durch ein mystisches Ereignis wurde er selbst eingeweiht und konnte von da an als Kanal Reiki an andere Menschen weitergeben, ohne seine eigene Energie mit einfließen zu lassen. Er spürte diese Kraft in sich und wusste,  das er von nun an heilen konnte.


Usui  beschloss den Ärmsten der Armen zu helfen, um die sich niemand kümmerte. Er ging nach Kyoto und verteilte kostenlos Reiki an Arme und Bedürftige im Bettlerviertel.
Dr.Chijuro Hayashi, ein pensionierter Marinearzt, war der bedeutendste Schüler Usuis und führte nach dessen Tod als Reiki-Großmeister sein Lebenswerk fort. Er begründete in Tokyo eine Reiki-Klinik, in der ausschließlich mit Reiki gearbeitet wurde und die seinerzeit in Japan sehr bekannt war. Er systematisierte die Hinterlassenschaft von Usui. Auf ihn geht die Form des traditionellen Reiki-Unterrichts zurück.
1935 behandelte er eine junge Frau aus Hawaii namens Hawayo Takata wegen eines Krebsleidens. Nach einigen Monaten der Behandlung, in der eine deutliche Besserung eingetreten war, bat sie Dr.Hayashi in die Einweihung in Reiki, um sich selbst behandeln zu können nach ihrer Rückkehr nach Hawaii. Zur damaligen Zeit war es aber aus gesellschaftlichen Gründen in Japan unvorstellbar eine Frau, und dann auch noch eine Ausländerin, als Schülerin aufzunehmen und einzuweihen. Sie blieb jedoch hartnäckig und bewies ihr Engagement und ihre Eignung, so dass sie nach anfänglicher Skepsis in den ersten Grad eingeweiht wurde und nach intensiver Praxis in der Klinik in den zweiten Grad.
Zurückgekehrt nach Hawaii eröffnete Frau Hawayo Takata eine Reiki-Praxis in ihrem Haus. Dr. Hayashi, der sie dort besuchte, bildete sie nun zur Reiki-Meisterin aus. Sie unterrichtete zunächst in Hawaii und später in den USA. Kurz vor seinem Tod ernannte er 1941 Frau Takata zu seiner Nachfolgerin. Sie setzte nach dem zweiten Weltkrieg die Arbeit fort.


1980 gab es im Westen 22 Reiki-Meister. Sie trafen sich nach dem Tod von Frau Takata und wählten Frau Phyllis Lei Furumoto zur Großmeisterin. Die Reiki  Alliance wurde gebildet.
1988 gab Frau Furumoto die Ausbildung von Reiki-Meistern frei, wegen der explosionsartig gestiegenen Nachfrage, die bis dahin allein in der Hand des Reiki-Großmeisters lag.

Ihre Bitte war es, die Tradition des Usui-Systems zu wahren und bestimmte Empfehlungen bei der Ausbildung zu beachten. Dies wurde nicht von allen Reiki-Meistern befolgt und damit begann die Zersplitterung des Usui-Systems in viele Linien.